A laboratórium igazgatója – Tangl professzor előtt – Eötvös volt. Sohasem találkoztam vele (Eötvös Loránd 1919-ben meghalt), a technikusával azonban többször is. Valahányszor elvégeztem vagy hozzákezdtem egy kísérlethez, azt mondta, hogy a kegyelmes úr nem így csinálná. Néha igaza is volt. Így tudtam meg, hogyan gondolkozott és dolgozott Eötvös, és ismét csak azt mondhatom, hogy egy probléma több, különböző oldalról való makacs megközelítésének egyszerűsége volt az, amely Eötvöst a világ kimagasló tudósainak egyikévé tette...” Békésy dolgozatát Tangl Károly mutatta be 1923-ban a Szent István Társulat kebelében (1916-ban) megalakult Szent István Akadémián, ahol magyar nyelven még ebben az évben meg is jelent. Címe: „Folyadékok diffúziós állandójának mérése az interferenciális refraktorral”. Dolgozata a címben jelzett probléma komplex megközelítését és megoldását kíséreli meg. Ez az alig több, mint 10 oldalas dolgozat valószínűleg csak összefoglalása az eredeti disszertációnak, melyre önéletrajzi írásában nosztalgiával emlékezett vissza: „...sajnos nem publikáltam”. Ugyancsak 1923-ban vesztette el édesapját. Nehezen talált munkát; nehezen igazodott el egyedül „az élet sűrűjében”. Szerencsére a Postakísérleti Állomás akkori mérnök-igazgatója, Paskay Bernát megengedte, hogy fizetés nélkül dolgozhasson a laboratóriumban. Három év telt el, amíg itt mérnöki álláshoz jutott. 1926-tól 1940-ig pályája meredeken ívelt felfelé. Mérési módszereket dolgozott ki, berendezéseket készített és készíttetett, több tucat cikket publikált a legfontosabb folyóiratokban. Az 1928-ban avatott Magyar Rádió önálló stúdiójának akusztikai terveit Békésy készítette. 1935-ben a nagyzenekari előadásokra kiépített 6-os stúdió akusztikai kialakítását is ő tervezte Dohnányi Ernő főzeneigazgató közreműködésével. 1933-ban lett magántanár a budapesti Pázmány Péter Tudományegyetemen, 1939-ben az Akadémia levelező tagjává választotta. 1940-ben a Tudományegyetem Gyakorlati Fizikai Tanszékére kapott nyilvános rendes tanári kinevezést. Békésy ezt úgy vállalta el, hogy közben megtartotta akkor már főmérnöki állását is a Postakísérleti Állomáson. „Egyszerre két laboratóriumom is lett” – emlékezett vissza később, amikor felidézte életének ezt az egyik  legproduktívabb, budapesti szakaszát. Közben zajlott a második világháború, s egyre nyilvánvalóbbá vált, hogy Magyarország területére is át fognak terjedni a harcok. 1944. április 3-án bombatámadás érte a Postakísérleti Állomás épületét, elpusztult Békésy itteni laboratóriuma. Ekkor határozta el, hogy az egyetemi laboratórium berendezéseit, műszereit a hallgatók segítségével fogja elrejteni. Így sikerült megmenteni sok műszert a háború pusztításai elől. A háború után újult erővel fogott munkához. 1946-ban Szent-Györgyi Albert után a második legnagyobb akadémiai jutalmat nyerte el, a Marczibányi-jutalom nevű elismerőlevelet. Az egyetemen nem jutott pénz a laboratórium fejlesztésére, az oktatásról pedig az új vezetésnek merőben más elképzelései voltak, mint Békésynek. Hogy átvészelje ezeket a zavaros időket, egyéves kutatói ösztöndíjat kért és kapott a svéd Karolinska Intézetbe, és 1946 őszén Stockholmba utazott. Talán ő maga se gondolta akkor, hogy soha többé nem látja viszont Budapestet. Közben meghívták az Egyesült Államokba, a Harvard Egyetemre; 1947 szeptemberében kiment Amerikába. Itt remélt olyan gazdasági körülményeket, amelyek között nyugodtan végezheti akusztikai kutatásait, kifejlesztheti saját laboratóriumát. (Stockholmban nem volt pénz a kutatói állás meghosszabbítására.) A magyar államtól egyetemi állásának meghosszabbítását kérte: ezt Svédországból kérve még megkapta, de az Egyesült Államokból már nem. 1949-ben még akadémiai tagságát is megszüntették, s csak halála után nyolc évvel „rehabilitálták” a Magyar Tudományos Akadémián. „A Harvard Egyetem nagyszerűen felszerelt pszichoakusztikai laboratóriumában 17 évet töltöttem ” – írta visszaemlékezéseiben. Ezt úgy kell érteni, hogy volt pénz rá, hogy Békésy 17 évi munkával nagyszerű laboratóriumot hozhasson létre. Bár elismerésben soha nem szenvedett hiányt, amerikai tartózkodása közben a tudományos világ számos kitüntetéssel ismerte el Békésy tudósi érdemeit. Legjelentősebb az 1961-ben kapott aranyérem az Amerikai Akusztikai Társaságtól, s az ugyanebben az évben megkapott orvosi-élettani Nobel-díj volt. 1965-ben leégett a Harvard Egyetemen az az épület, melyben Békésy laboratóriuma is volt. „Életemben háromszor veszítettem el mindenemet” – írta később. Azonban a '44-es bombázáskor, ill. az ország 1946-os elhagyásakor elszenvedett veszteséget (valószínűleg ezekre gondolt) könnyebb volt kihevernie az ereje és munkabírása teljében lévő tudósnak, mint ezt a harmadikat, 66 éves korában. 1966-ban elfogadta a Hawaii Egyetem meghívását, s elfoglalta az ő számára a Hawaii Telefon Társaság költségén felszerelt Érzékszervi Kutató laboratórium vezető kutatói tisztét. Az „érzékszervi tudományok” professzoraként kutatta Honoluluban az emberi érzékelés általános törvényszerűségeit, a különböző érzékszervek idegi működésének hasonlóságát.

Életének utolsó hat évét töltötte itt, bölcs öreg emberként hódolva két legnagyobb szenvedélyének: az érzékeléskutatásnak és a művészettörténetnek. Sohasem nősült meg, nem alapított családot; „én a tudományt vettem el feleségül” – mondta egyszer baráti társaságban. Hamvait kívánsága szerint a Csendes-óceánba szórták (ősi polinéz szokás ez), hogy újból egyesüljenek a természettel. A szenvedélyesen kutató tudósoknak ahhoz a csoportjához tartozott, akik nem előre elgondolt úton haladnak a probléma megoldása felé, hanem hagyják, hogy maga a probléma vezesse őket. A megoldás során akármilyen ismeretlen területre

tévednek, nem adják fel, nem mondják azt, hogy „ez már nem az én szakterületem”, hanem akár autodidakta módon beássák magukat az új szakterület mélységeibe. Békésy a hírközlési, távközlési rendszer leggyengébb pontját, a telefonhallgatót akarta javítani, fejleszteni, így jutott el annak vizsgálatához, hogyan is működik az ember hallószerve. Rájött, hogy Helmholtz halláselméletének kísérleti ellenőrzése meglehetősen bizonytalan, ezért direkt kísérletekkel és megépített analóg modellekkel próbált a tények nyomába eredni. Kísérleteinek nagy részét nem élő emberen végezte. Állatkísérletekkel bizonyította be, hogy a hallószerv működése a halál beállta után is fennmarad bizonyos ideig, tehát egy felboncolt hallószerven is lehet tanulmányozni a hang által kiváltott valóságos folyamatokat. Megmutatta, hogy a belsőfülben, a csigában lévő alaphártya ugyanúgy feszítetlen, ahogyan a középfület határoló dobhártya az. Így a hangmagasság érzékelése nem történhet az alaphártya rezgésének rezonanciájával. Bebizonyította, hogy a csigában a hang érzékelésekor nem szabályos állóhullámok alakulnak ki, hanem egy – ma úgy mondanánk: nem lineáris – hullám halad végig, amelynek amplitúdója a frekvenciától függően a mintegy 30 mm hosszú járat más-más helyén éri el maximumát. Azt is megmutatta, hogy e hullám csak a „gyújtó” szerepét tölti be a hangérzetet közvetítő idegsejtek működésében, melyhez az energiát a csigában elektrokémiai források szolgáltatják. Az emberi hallószerv működésére vonatkozó kutatások jelentős részét, amelyekért végül is Nobel-díjat kapott, Magyarországon végezte az 1930-as években és az 1940-es évek első felében. Stockholmban megépített audiométerének ősét, az első csöves audiométert Török Bélának, a Szent János Kórház fülész főorvosának ötlete alapján tervezte. Az Egyesült Államokban kiszélesítette kutatási területét: először csak a hallás és a bőrérzékelés közti hasonlóságot vizsgálta, végül pedig már a látás és általában minden érzékelés közös tulajdonságait, például az úgynevezett oldalirányú gátlást tanulmányozta. Élete során mintegy 160 tudományos dolgozatot publikált, s nem kevés a róla szóló magyar nyelvű irodalom sem. 

Hazájában ma már széles körű megbecsülés övezi emlékét: